בסיפור שפורסם אמש בחדשות כאן 11, נחשפה התנהלות חמורה של משרד הפנים, אשר מסרב לרשום אלפי ילדים שנולדו לאם שרשומה כיהודייה בתור יהודים במרשם האוכלוסין. כפי שנחשף, רשות האוכלוסין מודיעה לאנשים שהם או הוריהם עלו לישראל, נרשמו כיהודים ברשות האוכלוסין וחיים כיהודים בישראל מזה עשרות שנים, כי יהדותם מוטלת בספק ולכן ילדיהם לא יירשמו כיהודים עד להוכחה חוזרת של יהדותם. בנוסף, מונעת הרשות מילדי מי שנמצאים באותה "חקירה" מלקבל שירותים בסיסים, וכך משתמשת בכוחה על מנת לכוף את ההורים לבוא לשנות גם את רישום דתם שלהם.
במצב כזה מצאו את עצמן מאות משפחות, רובן ככולן צאצאים של עולי ברית המועצות, במצב בו הם נתונים תחת חקירה והזהות והשייכות של ילדיהם נשללת על ידי רשויות מדינת ישראל. דרישה כזו יכולה לעלות בשיחת טלפון, במכתב בדואר, בעת תור שגרתי לקבלת דרכון, שינוי סטטוס, וכן בעת בקשה לרשום תינוק רך במשרד הפנים. עד לבירור והוכחת יהדותם בשנית, לאחר שכבר הוכיחו יהדותם בעת העלייה לארץ, נמנעים מאותם אנשים שירותים בסיסיים באופן שפוגע קשות בזכויותיהם וחירותם. זאת, מבלי שיש לרשות האוכלוסין הסמכות לעשות זאת ובחריגה מסמכותו של פקיד הרישום, ומבלי לספק למשפחות קריטריונים או הסברים כיצד עליהם לפעול.
עוה"ד אלה סקעת ושרה וינברג, מארגון 'עתים', שמייצג את המשפחות במספר עתירות, מבהירות כי זוהי פרקטיקה אסורה. "משרד הפנים חורג מסמכות על מנת לפגוע בעניין אישי ורגיש כמו הזהות היהודית של האזרחים והאזרחיות הללו. מבחינה חוקית לא ברור מניין שואבת רשות האוכלוסין סמכות לחקור מיוזמתה את יהדותם של המשפחות, לחלוק על תעודות ציבוריות המעידות עליה, ולקבוע שיש צורך שיוכיחו אותה בפניה שוב ושוב. מצב בו רשות ציבורית הפועלת בניגוד לחוק ונוטלת לעצמה סמכויות שלא ניתנו לה, הינו מצב שערורייתי שאינו יכול להתקיים במדינה דמוקרטית".
מנתונים שקיבל ארגון 'עתים' לאחרונה, עולה כי מדובר בתופעה רחבה הנוגעת לאלפי קטינים שנולדו בשנים האחרונות, אשר נולדו לאם יהודייה ורישום דתם ולאומם נותר "בבדיקה", תלוי בין שמיים לארץ. יובהר, כי במסגרת תופעה זו נפגעות משפחות אשר כבר הוכיחו את יהדותן כדת וכדין בפני רשויות המדינה השונות, וחלקן אף נישאו כהלכה על ידי הרבנות הראשית.
כמו כן, עד כה במספר מקרים בהם הוגשה עתירה, משרד הפנים חזר בו ומחק את אותו ספק לכאורה שנגלה בעניינם, מבלי לתת הסבר לסיבת פתיחת החקירה מלכתחילה, ולכך שהתנהל ללא סמכות באופן שמונע מבית המשפט לתת את הדעת על פרקטיקה זו באופן רשמי.
הרב שאול פרבר, יו"ר ארגון 'עתים': "זו מדיניות שמנוגדת ליהדות, תוך ערעור על קיבוץ הגלויות הישראלי. אין שום מקום לפתוח בחקירת דת נגד אזרחי ישראל, שרשומים כיהודים, גם עשרות שנים לאחר עלייתם לישראל, על סמך ספקולציות בלבד. לא זו הייתה דרכם של חז"ל שקבעו שעדיף לשמור על לכידות החברה היהודית ולא לחפש לפסול אחרים וזו לא צריכה להיות דרכה של מדינת ישראל גם בעת הזו".
עו"ד אלעד קפלן, מנהל ארגון 'עתים': "חקירת דת כנגד אזרחי המדינה היא מקוממת ופסולה מיסודה. כאשר שוללים את יהדותם של תינוקות שזה עתה נולדו, זה חמור עוד יותר. מדובר בהתעמרות חמורה של משרד הפנים באנשים שעלו לישראל כיהודים וכל חטאם שמישהו במשרד הפנים החליט לערער על זהותם ושייכותם. צריך לשים סוף לפרקטיקה הפסולה הזאת ולהגן על העולים וצאצאיהם".